1980年代，世界相继发生怪异的事件。宇宙物理学的国际权威御手洗博士，除了警告有危机迫近外，还在自家的地底建立了研究所，并成立以现代科学精英组成的调查组织，SGM(Science Guard Members)。 新闻摄影师镜京太郎在母亲死后，寄居在御手洗博士家中。有一天他被神秘人袭击，但被一片镜中的光救了他。京太郎其后从博士处知道了自己的身世，并为了保护地球和平，而成为了异次元世界超人·镜子超人
